合作协议纠纷的判决通常依据《合同法》及相关司法解释，主要考虑以下因素：

  1. 合同条款有效性：审查协议是否具备法律效力，包括签约主体资格、意思表示真实性等；
  2. 违约事实认定：通过证据材料确定哪方存在未履行、迟延履行或瑕疵履行等违约行为；
  3. 损失因果关系：分析违约行为与损害结果之间的直接关联性；
  4. 责任比例划分：根据过错程度确定双方责任承担比例；
  5. 法律适用：优先适用合同约定条款，无约定时参照《民法典》合同编相关规定。

法院可能判决继续履行、采取补救措施或赔偿损失，特殊情况下可解除合同。建议诉讼前通过律师进行专业合同审查和证据整理。