根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一规定，违规提供出口退税凭证罪的处理如下：

  1. 税务机关工作人员违反国家规定，在提供出口退税凭证中徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；
  2. 致使国家利益遭受特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。

司法机关在办理此类案件时，需重点审查：主体是否为税务机关工作人员、主观上是否存在故意、客观行为是否违反规定程序、是否造成国家税款损失等要件。