土地确权纠纷通常由以下部门负责解决：

  1. 农村土地承包仲裁委员会 - 专门处理农村土地承包经营纠纷
  2. 当地农业农村局（原农业局） - 主管农村土地承包管理工作
  3. 乡（镇）人民政府 - 负责调解土地承包经营权纠纷
  4. 人民法院 - 当调解仲裁无效时，可向法院提起诉讼

建议优先通过当地乡镇政府调解，若调解不成可申请仲裁，最后再考虑司法途径。