在民事诉讼中，如果原告起诉后与被告达成赔偿协议，该协议是否有效需根据以下条件判断：

  1. 协议自愿性：双方需在平等、自愿基础上达成，无欺诈、胁迫等情形；
  2. 内容合法性：协议内容不得违反法律强制性规定或公序良俗；
  3. 程序合规性：若法院已立案，需向法院提交协议申请撤诉或调解书确认。

符合上述条件的赔偿协议具有法律效力，但建议通过法院调解书或公证方式强化执行力。