证券公司破产清算程序通常包括以下步骤：

  1. 申请破产：证券公司资不抵债时，向法院提交破产申请。
  2. 法院受理：法院审查后裁定是否受理破产案件。
  3. 指定管理人：法院指定破产管理人接管公司资产和事务。
  4. 债权申报：债权人需在规定期限内向管理人申报债权。
  5. 资产清算：管理人变卖公司资产，按法定顺序清偿债务。
  6. 分配剩余财产：清偿债务后，剩余财产按股东持股比例分配。
  7. 注销登记：清算结束后，向登记机关申请注销公司。

清算过程中，客户资产通常由第三方存管，与证券公司资产隔离。