仓储协议违约处理方式通常包括以下几种：

  1. 协商解决：双方通过友好协商确定赔偿或补救措施。
  2. 违约金支付：按合同约定比例支付违约金。
  3. 法律诉讼：协商无果时，可向法院提起诉讼。
  4. 仲裁：若协议中有仲裁条款，可通过仲裁机构解决。

具体处理需参考合同条款及《民法典》相关规定。