拆迁合同纠纷中厂房与工商局合同争议主要涉及以下法律问题：

  1. 合同主体资格争议：工商局作为行政部门是否具备签订民事合同的主体资格
  2. 补偿标准分歧：厂房市场价值评估与政府补偿方案的差异
  3. 违约责任认定：行政机关单方面变更/终止合同的法律效力
  4. 特殊条款解释：政策性条款与民事合同条款的冲突解决
// 证据收集要点示例
1. 原始合同及补充协议
2. 房屋产权证明文件
3. 工商登记备案材料
4. 拆迁公告及补偿方案
5. 往来函件及沟通记录

建议通过行政诉讼与民事诉讼并行处理，注意6个月的行政诉讼时效。