从保密单位辞职涉及劳动仲裁的程序如下：
- 提前申请脱密期：根据保密协议要求，需提前向单位提交书面辞职申请并履行脱密期义务（通常3-6个月）。
- 协商解除：与单位协商解除劳动合同，若对薪资、补偿等存在争议，需保留沟通记录。
- 准备仲裁材料：包括劳动合同、保密协议、辞职申请、工资流水、争议证据等。
- 提交仲裁申请：向用人单位所在地劳动仲裁委员会提交申请书，明确诉求（如经济补偿、工资结算等）。
- 等待受理与开庭：仲裁委受理后安排调解或开庭，需配合提供证据材料。
- 执行裁决：若仲裁结果支持劳动者诉求，单位拒不履行可申请法院强制执行。
注意：涉密人员仲裁过程可能涉及保密审查，建议咨询专业劳动法律师。
