当债务人主债务诉讼时效已过，债权人可采取以下处理方式：

  1. 协商还款：通过友好协商促使债务人自愿履行债务，时效届满不影响债务人自愿偿还。
  2. 补充书面凭证：若债务人在时效届满后重新确认债务（如签署还款协议），时效可能重新计算。
  3. 非诉讼催收：通过催收函、调解等方式施压，避免直接诉讼风险。
  4. 法律程序尝试：若债务人未以时效抗辩，法院不得主动适用，可尝试起诉（存在败诉风险）。

注意事项：时效届满仅产生抗辩权，债务本身仍存在，建议咨询专业律师评估具体情形。