公司合同纠纷申请仲裁的基本流程如下：

  1. 检查仲裁条款：确认合同中是否有有效的仲裁协议，明确约定仲裁机构及规则。
  2. 准备仲裁申请材料：包括仲裁申请书、合同副本、证据材料（如往来函件、支付记录等）及身份证明文件。
  3. 提交仲裁申请：向约定的仲裁机构（如中国国际经济贸易仲裁委员会）递交材料并缴纳费用。
  4. 参与仲裁程序：配合仲裁庭安排，参加庭审并提交补充证据。
  5. 执行仲裁裁决：裁决生效后，可向法院申请强制执行。

提示：建议咨询专业律师以确保程序合规。