在行政诉讼中涉及商业秘密质证时，通常按以下程序进行：

  1. 申请不公开审理：当事人可向法院申请对涉密证据不公开质证，并提交书面说明。
  2. 法庭审查：法院需审查商业秘密的认定依据，必要时可要求专业机构鉴定。
  3. 有限披露：仅向诉讼参与人披露必要内容，可采取分段展示、遮盖敏感信息等方式。
  4. 签署保密承诺：接触证据的人员需签署保密协议，违反者承担法律责任。
  5. 质证方式：采用庭前交换书面意见、单独询问等特殊方式，避免当庭公开辩论。

法律依据：《行政诉讼法》第43条及《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第37条。