撤销劳动仲裁中与培训机构达成的赔偿协议，通常需要按照以下步骤进行：

  1. 确认撤销条件：检查协议中是否有关于撤销条款的约定，或是否存在法定可撤销情形（如欺诈、胁迫等）。
  2. 协商解除：与培训机构协商一致，签订书面解除协议，明确双方权利义务终止。
  3. 向仲裁委员会申请：若协商不成，可向原劳动仲裁委员会提交书面撤销申请，说明理由并提供证据。
  4. 法院诉讼：若仲裁不予撤销，可向法院起诉请求确认协议无效或撤销（需在1年内提起）。

注意事项：撤销可能导致已支付的赔偿金返还，建议咨询专业律师后再操作。