在认定合伙企业合同纠纷是否有效时，需结合以下法律要件进行判断：

  1. 合同主体资格：合伙人需具备完全民事行为能力，且合伙协议各方均为真实意思表示。
  2. 内容合法性：合伙协议约定事项不得违反法律强制性规定或公序良俗。
  3. 形式要件：书面合伙协议需全体合伙人签字/盖章，口头协议需有其他证据佐证。
  4. 实际履行情况：各方是否按约定出资、分工，纠纷是否涉及根本性违约。
  5. 争议条款明确性：协议中对利润分配、债务承担等关键条款的约定是否清晰可执行。

有效认定的核心证据包括：合伙协议文本、出资凭证、账目记录、往来通讯记录等。建议通过司法鉴定或仲裁程序对争议条款进行专业认定。