根据《中华人民共和国民法典》相关规定，合作合同纠纷处理方式如下：

  1. 协商解决：双方应优先通过友好协商解决争议。
  2. 调解处理：可向人民调解委员会或商事调解组织申请调解。
  3. 仲裁裁决：若合同有仲裁条款，应向约定仲裁机构申请仲裁。
  4. 诉讼程序：无仲裁约定时，可向人民法院提起诉讼。

重点法律依据：民法典第466条（合同解释）、第577条（违约责任）、第563条（合同解除权）。