当合作合同出现纠纷时，可按以下步骤处理：

  1. 协商解决：双方优先通过友好协商达成一致，修订合同条款或签订补充协议。
  2. 第三方调解：协商无果时，可寻求行业协会、商会等第三方机构介入调解。
  3. 仲裁或诉讼：若调解失败，根据合同约定的争议解决条款，向仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
  4. 证据保全：保留合同原件、往来函件、付款记录等关键证据，以支持法律程序。

建议在签订合同时明确争议解决条款，降低纠纷风险。