合作合同纠纷的解决方式主要包括以下几种：

  1. 协商解决：双方通过友好协商达成一致，签订补充协议。
  2. 调解处理：可向行业协会、商会或第三方调解机构申请调解。
  3. 仲裁裁决：根据合同约定的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。
  4. 诉讼解决：向有管辖权的人民法院提起诉讼。

建议在合同中明确约定争议解决条款，包括管辖法院或仲裁机构。