合作合同纠纷通常可以通过以下方式解决：

  1. 协商解决：双方直接沟通协商，达成一致意见。
  2. 调解处理：通过第三方调解机构或中间人协调解决争议。
  3. 仲裁程序：根据合同约定的仲裁条款提交仲裁机构裁决。
  4. 诉讼途径：向法院提起诉讼，通过司法程序解决纠纷。

建议在合同中明确约定争议解决条款，包括适用法律和管辖法院等内容。