在合作协议纠纷举证过程中，需重点收集以下证据材料：

  1. 书面协议原件：包括合同、补充协议及附件，需体现双方签字盖章；
  2. 履行记录：如交货单、验收报告、付款凭证、沟通记录（邮件/聊天截图）等；
  3. 电子数据：通过公证保存的微信、短信、录音等电子证据；
  4. 第三方证明：证人证言、鉴定报告或审计报告等专业文件；
  5. 违约证据：如对方未履约的书面通知、催告函及送达证明。

注意：所有证据需保证真实性、合法性和关联性，建议咨询专业律师进行证据链梳理。