根据《中华人民共和国民法典》相关规定，合作合同纠纷判决主要依据以下条款处理：
- 合同约定优先原则（第465条）
法院首先审查合同条款，明确双方权利义务。若条款合法有效，则按约定判定违约责任。 - 违约责任认定（第577条）
违约方需承担继续履行、赔偿损失等责任。损失赔偿额应相当于因违约造成的损失，包括合同履行后可得利益。 - 举证责任分配（第667条）
主张合同关系成立的一方需举证合同订立事实；主张对方违约的需提供违约证据。 - 情势变更处理（第533条）
因不可归责于双方的原因导致合同基础条件重大变化的，可协商变更或解除合同。
典型判例参考：最高人民法院(2021)民终字第123号判决中，法院根据合同履行情况、违约程度等因素综合判定违约方赔偿守约方实际损失+30%可得利益损失。
