根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，合同纠纷仲裁程序主要规定如下：
- 仲裁协议优先：当事人达成有效仲裁协议的，法院不得受理（民诉法第124条）。
- 仲裁机构选择：需在仲裁协议中明确选定具体的仲裁委员会（仲裁法第16条）。
- 仲裁程序启动：申请人应向仲裁委员会提交仲裁申请书及证据材料（仲裁法第22-23条）。
- 仲裁庭组成：当事人可约定1名或3名仲裁员，未约定的由仲裁委员会主任指定（仲裁法第31-32条）。
- 裁决效力：仲裁裁决具有终局性，当事人可向中院申请撤销裁决（民诉法第237条、仲裁法第58条）。
民诉法特别规定：
- 仲裁协议无效时可直接起诉（民诉法第124条）
- 仲裁裁决执行由被执行人住所地或财产所在地法院管辖（民诉法第224条）
- 涉外仲裁的司法审查适用特殊程序（民诉法第283条）
