行政复议机关处理行政复议申请的基本流程如下：
- 受理审查：收到申请后5日内进行形式审查，不符合条件的书面通知不予受理。
- 材料补正：申请材料不齐全的，一次性告知申请人需补正的内容和期限。
- 案件审理：自受理之日起60日内作出决定，重大复杂案件可延长30日。
- 决定类型：维持、撤销、变更或确认原行政行为违法，责令限期履行等。
- 文书送达：行政复议决定书需依法送达当事人并说明救济途径。
特殊情形处理：
- 对不属于本机关管辖的申请，应告知向有权机关提出
- 受理后发现不符合受理条件的，驳回申请
- 调解适用于行政赔偿、补偿及自由裁量权案件
