农村土地纠纷通常由以下部门负责处理：

  • 农业农村局 - 负责农村土地承包经营权纠纷调解
  • 自然资源局（原国土局） - 处理土地权属争议和宅基地纠纷
  • 乡镇人民政府 - 设有专门的土地纠纷调解办公室
  • 人民法院 - 当行政调解无效时可通过诉讼解决

建议优先通过当地村委会或乡镇司法所进行调解，调解不成再向县级主管部门申请处理。涉及土地确权的纠纷需准备土地承包合同、权属证明等相关材料。