申请行政赔偿的程序主要包括以下步骤：

  1. 确认赔偿义务机关：确定造成损害的行政机关或法律授权组织。
  2. 提交赔偿申请：向赔偿义务机关递交书面申请，需包含申请人信息、事实依据和具体请求。
  3. 机关受理与审查：赔偿义务机关在收到申请后2个月内作出是否赔偿的决定。
  4. 协商赔偿方案：双方可就赔偿方式（金钱/恢复原状）和金额进行协商。
  5. 决定与执行：达成协议后制作赔偿决定书，逾期不赔或对决定不服可向法院起诉。
  6. 诉讼救济：自期限届满之日起3个月内向法院提起行政赔偿诉讼。

特殊情形：赔偿义务机关被撤销的，继续行使其职权的机关为赔偿义务机关。