国家赔偿的资金主要来源于各级财政预算。根据《中华人民共和国国家赔偿法》，赔偿义务机关在支付赔偿金后，可以向同级财政部门申请核拨，由财政统一安排资金。

具体流程为：赔偿义务机关先行支付赔偿金→向财政部门申请核拨→财政部门审核后纳入下一年度预算→最终由国库支付。这种机制确保了国家赔偿的经费保障，同时避免给具体单位造成过重负担。