税务机关在行政诉讼中通常采取以下处理流程：

  1. 应诉准备：收到法院传票后，税务机关需在法定期限内提交答辩状及相关证据材料，包括作出具体行政行为的法律依据、事实证据和程序文件。
  2. 证据审查：重点核查执法程序合法性、证据链完整性及法律适用准确性，必要时补充收集证据。
  3. 出庭应诉：由负责人或委托代理人出庭，就争议焦点进行举证质证，说明行政行为合法性。
  4. 复议调解：对存在瑕疵的案件，可在诉讼期间主动纠正或与原告协商和解，申请法院调解。
  5. 执行判决：若败诉，需履行法院裁决，包括撤销、变更行政行为或赔偿；胜诉则维护原行政决定。

税务机关应建立法律顾问团队，规范执法档案管理以降低诉讼风险。