根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，税务公司股东发生变更后未在规定期限内办理变更登记，税务机关可责令限期改正，并处1万元以下罚款；情节严重的，处1万元以上10万元以下罚款。具体处罚标准依据地方税务部门裁量。