排污许可证变更代理的程序通常包括以下步骤：

  1. 提交变更申请：企业委托代理机构向环保部门提交排污许可证变更申请及相关材料。
  2. 材料审核：环保部门对提交的材料进行审核，确认是否符合变更条件。
  3. 现场核查：如需变更排污设施或排放标准，环保部门可能进行现场核查。
  4. 审批决定：环保部门根据审核和核查结果作出是否批准变更的决定。
  5. 领取新证：变更获批后，企业领取更新后的排污许可证。

具体流程可能因地区和政策有所不同，建议咨询当地环保部门或专业代理机构。