保护员工商业秘密需要采取以下措施：

  1. 签订保密协议：与员工签订具有法律效力的保密协议，明确保密内容和责任
  2. 权限分级管理：根据岗位设置信息访问权限，实行最小必要原则
  3. 技术防护措施：部署加密软件、水印系统和访问日志记录
  4. 物理隔离：对涉密区域实行门禁管理，重要文件上锁保管
  5. 离职审计：员工离职时进行设备交接和知识转移审查
  6. 定期培训：每季度开展商业秘密保护法律知识培训
  7. 监控预警：对异常数据下载和外发行为建立监控机制

企业应建立商业秘密分级保护制度，核心机密接触人员不超过3人，普通商业信息按部门隔离。