环保部门立案后应按以下程序处理：

  1. 调查取证：执法人员现场核查，收集证据材料（照片、监测数据等）；
  2. 制作笔录：记录违法行为细节，当事人签字确认；
  3. 案件审查：法制部门审核证据链完整性，提出处理意见；
  4. 行政处罚：下达《责令改正通知书》或《行政处罚决定书》；
  5. 执行监督：跟踪整改情况，逾期未改正的启动强制执行；
  6. 结案归档：整理案卷资料并存档，重大案件需公示。

注：涉及刑事犯罪的应移送司法机关。