在刑事自诉案件的二审程序中，自诉人是可以申请撤诉的。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，自诉人在判决宣告前有权同被告人自行和解或撤回自诉，但需经人民法院审查同意。若二审法院认为撤诉不违反法律规定且不损害公共利益，通常会裁定准许撤诉。

需要注意的是，撤诉后原则上不得以同一事实再次提起自诉（法律另有规定的除外），且是否准许撤诉由法院综合案件具体情况决定。