非法行医罪的司法程序通常分为以下几个阶段：

  1. 立案侦查：公安机关接到举报或发现线索后，依法立案并开展调查取证。
  2. 审查起诉：检察机关对案件材料进行审查，决定是否向法院提起公诉。
  3. 法庭审理：法院依法组成合议庭，公开审理并作出判决。
  4. 执行阶段：对生效判决进行执行，可能涉及刑罚执行或财产刑等。

关键证据包括：行医资质证明、患者证言、医疗记录、违法所得证明等。量刑依据《刑法》第336条，视情节严重程度可处三年以下有期徒刑至十年以上有期徒刑。