非法行医罪的司法程序主要依据《中华人民共和国刑法》和《刑事诉讼法》规定，具体流程如下：

  1. 立案侦查：公安机关接到举报或发现线索后，经初查符合立案条件的予以立案，收集证据（如就诊记录、证人证言等）。
  2. 审查起诉：侦查终结后移送检察院，检察院审查证据决定是否提起公诉。
  3. 法庭审理：法院受理案件后组织庭审，控辩双方质证辩论，最终根据《刑法》第336条作出判决。
  4. 执行阶段：对构成犯罪的行为人判处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；造成严重后果的处三年以上十年以下有期徒刑。

注：若涉及非法行医致人死亡，可能适用更重的刑罚程序。