公安机关交通管理部门扣留车辆程序如下：

  1. 执法依据：民警依据《道路交通安全法》及相关法规扣留车辆；
  2. 现场处置：出示执法证件，告知扣留理由，开具强制措施凭证；
  3. 车辆登记：记录车辆信息、扣留时间及存放地点；
  4. 当事人签字：要求车主或驾驶人在凭证上签字确认；
  5. 移交保管：将车辆移交指定停车场，出具保管单据；
  6. 处理时限：一般不超过30日，需延长的需经批准；
  7. 返还程序：当事人履行处罚或提供担保后，凭手续领回车辆。

注：扣留期间产生的保管费用由执法部门承担（违法行为人原因导致的除外）。