在破产清算程序中，清算组并非代表董事会行使职权。根据《企业破产法》规定，清算组（管理人）由法院指定，独立履行接管、清理、评估和分配破产财产等职责，其法律地位独立于原企业治理结构（如董事会）。董事会职权自法院受理破产申请时起即告终止。