在破产清算过程中，留抵税额通常不能直接计入清算损益。根据《企业破产法》及相关税务规定，留抵税额属于增值税进项税额的未抵扣余额，其性质属于企业的税收债权而非普通资产。破产清算时，留抵税额的处理方式如下：

  1. 无法退还：留抵税额一般不能申请退税，因企业已进入破产程序，丧失持续经营资格；
  2. 不能抵减负债：留抵税额不能用于抵偿破产债务，需按税务注销流程处理；
  3. 税务核销：清算结束后，未抵扣的留抵税额经税务机关审核后作核销处理，不影响清算损益计算。

特殊情况下，若破产重整中企业存续，可能允许继续抵扣，但需与税务机关协商。