公司破产时注册资金处理方式如下：

  1. 清算程序：注册资金需优先用于清偿债务，包括员工工资、税款及普通债权。
  2. 股东责任：若存在出资不实（未缴足注册资金），股东需在未缴额度内承担连带清偿责任。
  3. 分配剩余财产：债务清偿后，剩余资金按股东出资比例分配。
  4. 法律例外：若公司人格被否认（如财产混同），股东可能需以个人财产承担责任。

具体操作需依据《企业破产法》及公司章程，建议咨询专业律师。