医疗机构土地使用税交纳需遵循以下规定：

  1. 政策依据：根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》，非营利性医疗机构自用土地免征土地使用税；营利性医疗机构需按当地标准缴纳。
  2. 免税条件：需提供《医疗机构执业许可证》及非营利性机构证明文件，向税务机关申报备案。
  3. 应税处理：营利性机构按土地等级和面积计算税额，每半年或一年通过电子税务局或办税服务厅申报。
  4. 申报材料：土地使用证、租赁合同（如适用）、上月财务报表等。

注：具体执行标准以地方税务部门要求为准，建议提前咨询12366或专业税务顾问。