企业改制设立过程中涉及的增值税和营业税处理方式如下：
增值税处理
- 资产重组免税政策：根据财税[2016]36号文，企业改制过程中涉及的货物、不动产、土地使用权转让，符合条件的可享受不征收增值税政策。
- 进项税额延续：改制后企业可延续使用原企业的增值税进项税额。
- 特殊资产处理：机器设备等动产转让按13%税率计税，不动产转让按9%税率计税。
营业税处理（注：2016年5月后全面营改增）
- 历史遗留问题：若涉及2016年5月前的营业税应税行为，需按原政策补缴。
- 资质延续：原企业已缴纳营业税的资质文件，改制后企业可继续使用。
注意事项
- 需向主管税务机关提交改制方案备案
- 完整保留资产评估报告等资料备查
- 跨地区改制需注意地区间税收政策差异
