船舶抵押合同的变更方式主要包括以下几种：

  1. 协议变更：抵押双方协商一致后签订书面补充协议，明确变更内容。
  2. 登记变更：涉及抵押权人、抵押金额等核心条款变更时，需向船舶登记机关办理变更登记。
  3. 法院裁定变更：因法律纠纷由法院判决或裁定导致的合同条款变更。
  4. 自动变更：合同约定的特定条件触发时（如利率调整条款），按约定自动变更。

注：重大变更需重新办理抵押登记，否则可能影响法律效力。