云南地区边界纠纷案件管辖问题主要依据《中华人民共和国行政区域边界争议处理条例》及相关法律法规。根据规定，边界争议由争议双方人民政府协商解决；协商不成的，由上一级人民政府裁决。涉及跨省边界的，需报国务院裁定。案件管辖通常遵循属地原则，由争议所在地基层人民法院初审，重大案件可能由中级人民法院或云南省高级人民法院管辖。

具体流程包括：1) 当事人向当地政府提出争议申请；2) 政府组织调查协商；3) 协商不成则逐级上报；4) 最终裁定具有法律效力。涉及民族自治地区的边界纠纷，还需考虑《民族区域自治法》的特殊规定。