企业在改制设立过程中涉及增值税缴纳问题，主要分为以下两种情况：
- 资产重组涉及不动产、土地使用权转让：
- 根据财税[2016]36号文，企业改制过程中通过合并、分立、出售等方式将全部或部分实物资产及相关债权、负债、劳动力一并转让的，不属于增值税征税范围
- 单纯转让不动产或土地使用权需按9%税率缴纳增值税
- 存货及设备转让：
- 改制时转让存货（原材料、库存商品等）按13%税率缴纳增值税
- 已使用固定资产转让按3%减按2%征收（小规模纳税人）或13%税率（一般纳税人）
注意事项：改制方案应取得主管税务机关的书面确认，并注意区分资产转让与股权转让的税务处理差异。
