员工连续旷工三天属于严重违反劳动纪律行为，根据《劳动合同法》第三十九条规定，用人单位可依法解除劳动合同。具体处理流程如下：

  1. 核实事实：通过考勤记录、监控录像等证据确认旷工天数
  2. 书面通知：向员工发送《返岗通知书》，要求说明旷工原因
  3. 解除程序：若员工无正当理由，经工会程序后发出《解除劳动合同通知书》
  4. 工作交接：要求员工办理工作交接及离职手续
  5. 档案处理：在离职证明中如实记载旷工解除情况

注意事项：需确保规章制度中明确将"连续旷工3天"列为严重违纪情形，且该制度经过民主程序公示。