根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，施工合同纠纷处理方式主要包括：

  1. 协商解决：双方优先通过友好协商达成一致，修订或补充合同条款。
  2. 调解：可申请行业协会、人民调解委员会等第三方机构介入调解。
  3. 仲裁：若合同约定仲裁条款，可向仲裁机构申请具有法律效力的裁决。
  4. 诉讼：向工程所在地法院起诉，法院将依据合同约定、工程质量鉴定等证据判决。

关键法律依据包括《民法典》第807条（工程款优先受偿权）及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》。