根据《中华人民共和国民法典》规定，工程合同纠纷的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。特殊情况下可适用最长20年时效（自权利受损日起）。具体起诉频率需根据案情进展确定，法律未限制同一纠纷的起诉次数，但重复起诉可能被驳回。