股权纠纷超过诉讼时效时，通常按以下方式处理：

  1. 法院驳回起诉：若被告提出时效抗辩且成立，法院将依法驳回原告诉讼请求。
  2. 协商调解：双方可通过协商达成还款或补偿协议，时效届满不影响自愿履行。
  3. 其他权利主张：如存在合同违约、侵权等情形，可尝试其他案由主张权利。
  4. 补充证据：若有诉讼时效中断（如催款记录）或中止（如不可抗力）的证据，可重新计算时效。

提示： 具体需结合《民法典》第188条及司法解释，建议咨询专业律师。