根据《中华人民共和国仲裁法》相关规定，即使甲方违法分包导致合同无效，只要合同中存在有效的仲裁条款，当事人仍然可以依据该条款申请仲裁。仲裁机构有权对合同效力及由此产生的纠纷进行裁决。

关键点：

  • 仲裁条款独立性原则：合同无效不影响仲裁条款的效力
  • 仲裁机构可对合同效力作出认定
  • 违法分包导致的损失赔偿等争议可通过仲裁解决