修改行政复议案件的法院管辖需要按照《行政诉讼法》相关规定操作，具体步骤如下：
- 确定管辖原则：一般由最初作出行政行为的行政机关所在地法院管辖
- 提出管辖权异议：在收到复议决定书后15日内向原受理法院提出书面申请
- 提交证明材料：包括但不限于：
- 复议决定书原件及复印件
- 管辖权异议申请书
- 相关证据材料
- 等待法院裁定：法院应在收到申请后15日内作出裁定
特殊情形处理：
- 经复议改变原行政行为的，也可由复议机关所在地法院管辖
- 对限制人身自由的行政强制措施不服的，可由原告所在地法院管辖
- 不动产案件由不动产所在地法院专属管辖
