在刑事诉讼中，若出现证据不足或案情不清的情况，司法机关通常会按照以下程序处理：
- 补充侦查：检察机关可退回公安机关补充侦查，期限为1个月，以两次为限。
- 存疑不起诉：经补充侦查仍证据不足的，检察院应作出不起诉决定（《刑事诉讼法》第175条）。
- 无罪推定原则：法院应遵循"疑罪从无"，依法宣告被告人无罪（《刑事诉讼法》第200条）。
- 证据排除规则：对非法取得的证据应予以排除，不得作为定案依据。
关键法律依据：
- 《刑事诉讼法》第55条：证据确实、充分的认定标准
- 《人民检察院刑事诉讼规则》第367条：补充侦查的具体规定
