根据《劳动合同法》相关规定，员工被仲裁起诉后辞职是否需要支付经济补偿金需分情况判断：

  1. 单位存在过错：若仲裁起诉是因单位拖欠工资、未缴社保等违法行为导致，员工辞职可主张经济补偿金（N倍月工资）。
  2. 员工个人原因辞职：如因个人发展等非单位过错原因主动离职，一般无权要求补偿金。
  3. 仲裁结果影响：若仲裁已判决单位违法解除合同，员工辞职可能获得赔偿金（2N倍月工资）。

建议保留仲裁相关证据，具体补偿需结合实际情况及地方司法实践确定。