合作合同纠纷可通过以下方式处理：

  1. 协商解决：双方直接沟通协商修改或终止合同条款。
  2. 调解处理：通过第三方机构调解达成一致意见。
  3. 仲裁申请：依据合同约定向仲裁机构提交仲裁申请。
  4. 诉讼途径：向法院提起诉讼，由司法机关裁决。

建议保留合同原件、沟通记录等作为证据，必要时咨询专业律师。